Свое решение Чайка мотивировал тем, что, поскольку следствие фактически собирает информацию против Александра Буксмана, а замгенпрокурора, в свою очередь, является «спецсубъектом», против него следует возбудить отдельное дело и получить заключение суда о наличии в его действиях признаков преступления.
В 2005 году Александр Буксман, возглавляя московское управление Росрегистрации (Чайка тогда руководил Министерством юстиции, в структуру которого входит Росрегистрация), стал председателем конкурсной комиссии, которая должна была избрать нового нотариуса. Среди конкурсантов оказалась Ирина Буксман, жена главы комиссии, которая, несмотря на формальное право на замещение должности нотариуса, имела меньший опыт работы, чем многие другие претенденты. Тем не менее, именно она получила должность, после чего ее проигравшая соперница Инна Ермошкина пожаловалась на Александра Буксмана в прокуратуру.
Прокуратура Юго-западного округа Москвы возбудила уголовное дело по фактам превышения должностных полномочий и вымогательства взятки (Ермошкина утверждала, что за победу в конкурсе от нее требовали 200 тысяч долларов). Причем, как отметила пресс-секретарь Генпрокуратуры Марина Гриднева, дело было возбуждено лишь со второй попытки и "по инициативе зампрокурора Москвы [Михаила] Никонова".
Летом 2006 года Юрий Чайка, став генеральным прокурором, назначил Буксмана своим первым заместителем, после чего уголовное дело было прекращено "за отсутствием события преступления". 12 мая 2008 года глава Следственного комитета постановил возобновить следствие. После того, как следователи попросили Басманный суд санкционировать обыски в управлении Росрегистрации по Москве, а также в офисе ОАО "Гусьторф", где несколько лет назад работала юрисконсультом Ирина Буксман, Чайка отменил постановление Бастрыкина о возобновлении следствия.
Источники издания в Следственном комитете утверждают, что это дело знаменует собой кульминацию противостояния этого ведомства с Генпрокуратурой, и отныне конструктивное взаимодействие между Бастрыкиным и Чайкой уже невозможно, а в конфликт между ними рано или поздно придется вмешаться Кремлю.
