Изъятие было связано с возбужденным в отношении адвоката Трепашкина уголовным делом. По словам самого Трепашкина, процессор был изъят по причине того, что на жестком диске компьютера размещались адвокатские досье по нескольким десяткам дел, находившихся как в состоянии законченного производства, так и на стадии адвокатской работы.
По словам Трепашкина, среди этих досье было и то, что больше всего интересовало ФСБ России и Главную военную прокуратуру - документы по работе Трепашкина, связанной с защитой потерпевших от подрыва домов в Москве в сентябре 1999 года - Морозовой Е.А. и Морозовой Т.А., а также некоторых других пострадавших. Трепашкин утверждает, что в этих файлах содержалось много информации: показания свидетелей, документы, другие доказательства, которые адвокат намеревался использовать в суде.
Сам Трепашкин считает, что решение о его недопущении в расследованию дела как адвоката и как в прошлом специалиста по расследованию диверсий и террористических актов к делу по подрыву домов принималось на самом высоком уровне из-за опасений, что собранные им доказательства могут опровергнуть официальную версию следствия, то в первую очередь был изъят именно компьютер с адвокатскими досье.
Предлог для изъятия в снимаемой Трепашкиным квартире в "Нагатинском затоне" был, по словам Трепашкина, абсолютно надуман: к нему в квартиру пришли искать следы сбежавшего в Лондон погибшего сотрудника ФСБ Александра Литвиненко, хотя все знали, что он уже находится в Лондоне, где попросил политическое убежище. Трепашкин заявляет, что все остальные материалы, изъятые в ходе той выемки были либо подброшены, либо не имели никакого отношения к делу. Среди "вещдоков" были изъяты несколько подброшенных патронов, старые конспекты по марксизму-ленинизму и философии. Кроме того, по словам Трепашкина, была распространена ложная информация о том, что у него в квартире оказались документы с данными на 1000 агентов ГРУ ГШ МО России, от которой в последующем отказались.
Трепашкин заявляет, что сразу же после изъятия компьютер оказался в руках специалистов из ФСБ России, которые вскрыли его без каких-либо понятых и до официального осмотра подтерли спецпрограммами те файлы, которые, по их мнению, не подлежали общественной огласке в суде. Об этом они, не скрывая, показали в ходе допросов в Московском окружном военном суде по делу Трепашкина в начале 2004 года. Официальный осмотр компьютера был произведен уже после обработки его специалистами ФСБ России. Трепашкин утверждает, что его осуждение на четыре года было, в основном, связано с тем, чтобы не дать ему восстановить по памяти некоторые документы.
Трепашкин утверждает, что он неоднократно обращался в Московский окружной военный суд с просьбой разрешить ему скопировать адвокатские досье. Во-первых, беззащитными оставались его клиенты более чем по сорока уголовным и гражданским делам. Во-вторых, Трепашкину нужно было отчитаться перед налоговыми органами, а вся документация находилась в компьютере. Все его жалобы были отвергнуты.
Экс-офицер ФСБ Михаил Трепашкин был арестован 22 октября 2003 года, накануне заседания суда, где он планировал предъявить факты, которые могли дать основание утверждать о причастности спецслужб к организации взрывов жилых домов в сентябре 1999 года. Предлог для ареста - в его машине был обнаружен пистолет. 19 мая 2004 года за незаконное хранение оружия и разглашение гостайны приговорен Московским окружным военным судом к 4 годам колонии-поселения. Срок отбывания наказания исчислялся с момента ареста Михаила Трепашкина 1 декабря 2003 года.
