Тем не менее, во время обсуждения документа в зале разгорелась дискуссия. Противники законопроекта говорили о том, что его реализация затруднит деятельность зарубежных благотворительных организаций, оказывающих посильную помощь разным слоям общества. Член Совета федерации от Ингушетии Василий Лихачев отметил, что при разработке этого закона не изучался опыт Евросоюза, не была учтена международные практика и стандарты.
В свою очередь, сенатор Людмила Нарусова заявила, что Общественная палата выступила против принятия этого закона и попросила Совет федерации отложить рассмотрение этого документа. "Нельзя проигнорировать мнение Общественной палаты, выступившей против принятия этого закона", - считает она.
Закон об НКО был принят подавляющим большинством Государственной думы, несмотря на протесты правозащитников и членов Общетвенной палаты. Закон ужесточает контроль за некоммерческими неправительственными организациями, и поэтому вызвал многочисленные протесты общественности и официальных лиц, как в стране, так и за рубежом. Активные действия против принятия законопроекта предприняли гражданские активисты в Воронеже, Самаре, Архангельске, Ростове, Рязани, Кирове, Владимире, Москве, Санкт-Петербурге, Екатеринбурге, городах Саратовской, Псковской, Челябинской, Кемеровской областей, Чувашии, Карелии и других регионов России.